サンシャイン水族館では、2006年4月より沖縄県恩納村の協力のもと「サンゴプロジェクト」を推進。現在、サンゴプロジェクトでは「サンゴ返還プロジェクト」と「サンゴ礁再生プロジェクト」の2つに取り組み、毎年2～3回、恩納村に出向き、サンゴのメンテナンスを実施している。2020年6月には、プロジェクトで管理しているサンゴの産卵を4年連続で確認した。

また、サンゴの日である3月5日(金)～14日(日)の期間、「3月5日はサンゴの日！サンゴフェスタ」を開催する。本イベントは、「サンゴプロジェクト」をはじめ、サンゴ自体や環境問題についてより深く知ってもらおうと、2018年より開催しているもの。

本年は１.サンゴと環境問題について知ることができる水族館内でのキーワードラリー、２.サンシャイン水族館スタッフが沖縄県恩納村の海域で行っているサンゴメンテナンスの映像公開、３.「未来とサンゴプロジェクト」が開催した「1Post 1Plant～サンゴの日フォトコンテスト2021～」で受賞した優秀作品の展示を実施する。

サンゴはいろいろな生き物にとって隠れ家や産卵場所となることから「海のゆりかご」とも言われている。しかし、たくさんの生物が暮らすサンゴ礁では、天敵となるオニヒトデの大量発生や土地開発等による土砂の流出、表層水温上昇に伴うサンゴの白化などでサンゴの大量斃死(へいし)が起こっている。この活動が少しでも海の豊かさを守ることに繋がったり、サンゴが身近で親しみやすい存在と改めて感じてもらうことを目指す。